Programme détaillé : Journée 'Le microbiote' du 13/11/23

voir le détail de la Session 1 : Les microbiotes du sol et des plantes
voir le détail de la Session 2 : Le microbiote animal
voir le détail de la Session 3 : Le microbiote humain
voir le détail de la Session 4 : Au cœur du concept One Health
voir le détail de la Table ronde : Microbiote & One Health
 

• 09h30 – 10h00 : Accueil

• 10h00 – 10h15 : Ouverture de la journée avec présentation de la thématique, des co-organisateurs (Carnots Plant2Pro, France Futur Elevage, Qualiment & le pôle de compétitivité VEGEPOLYS VALLEY) et détails du programme

• 10h15 – 10h30 : Capucine GRANDSIR - BPI France - Financements de R&D public/privé
  

• 10h30 – 12h30 : 4 sessions de conférences, de temps de Questions/Réponses et d’échanges :
  > 10h30 – 11h30 :  SESSION 1  - Les microbiotes du sol et des plantes : quelles interactions et quels indicateurs terrains pour qualifier et quantifier ces microbiotes ?
  ------> 10h30 – 10h45 : Christophe MOUGEL – UMR 1349 IGEPP Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes, INRAE - Institut Agro - Université Rennes 1 - Microbiote et santé des plantes : de l'écologie des communautés à la validation de consortia microbien bénéfique
    
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  ------> 10h45 – 11h15 : Lucile PELLAN - UMR Santé et Agroécologie du Vignoble (SAVE), INRAE Bordeaux-Aquitaine - Recherche de bioindicateurs microbiens de la santé et de la résilience de l'écosystème viticole
   
    Réduire l'utilisation des pesticides chimiques est un objectif majeur en Europe. Le microbiome de la vigne pourrait faire partie des solutions pour permettre cette réduction, car la biodiversité du microbiome est un moteur de la croissance des plantes et de la santé des sols. Notre objectif est d'identifier s'il existe des relations entre la diversité microbienne et la bonne santé de la vigne
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  ------> 11h00 – 11h15 : Battle KARIMI - Novasol EXPERTS – Du développement au déploiement au terrain d'indicateurs opérationnels de la qualité microbiologique des sols
  
     Ces 20 dernières années, la recherche académique a généré une quantité importante de connaissances sur la microbiologie des sols, et principalement des sols cultivés. En parallèle de ces connaissances, elle a assuré le développement de bioindicateurs et de référentiel qui sont aujourd'hui déployés au terrain. La présentation passera en revue ses développements ainsi que le transfert et l'utilisation opérationnelle de ces outils de diagnostic de la qualité microbiologique des sols
  
  
  ------> 11h15 – 11h 30 : Q/R

• 11h30 – 11h45 : Pause

• Reprise des conférences :
  > 11h45 – 12h45 :  SESSION 2  - Le microbiote animal : quelle influence du microbiote sur la santé et le bien-être animal ?
  ------> 11h45 – 12h : Françoise BUSSIERE - INRAE Nouzilly - Centre de recherche Val de Loire UMR ISP - Modulation du microbiote intestinal et de ses métabolites pour atténuer la physiopathologie de l’infection par Eimeria tenella

    Les coccidioses sont responsables de très importantes pertes économiques à travers le monde et sont provoquées par des parasites apicomplexes du genre Eimeria. Nos résultats mettent en évidence l’importance du microbiote sur le développement du parasite Eimeria tenella au niveau des caeca du poulet, sur la formation de lésions caecales, sur la réponse inflammatoire et sur la perte d’intégrité de la barrière intestinale (Gaboriaud et al. 2021 ; Tomal et al. 2023). Cependant, les taxa bactériens du microbiote impliqués dans ces effets restent encore à déterminer.

  Dans cette étude, nous cherchons à déterminer, lors de l’infection par E. tenella :
  1) quels taxa bactériens du microbiote ont des effets délétères sur la physiopathologie de l’infection et /ou le développement parasitaire.
  2) quels microbiotes complexes et orientés du poussin atténuent la physiopathologie de l’infection et/ou la charge parasitaire et ce, par quels mécanismes.

  Ce projet fournira des indications pour le développement d’un microbiote limitant les conséquences négatives de l'infection et, qui, à terme, pourrait être utilisé pour une meilleure gestion de la coccidiose dans l’industrie avicole.

  
  ------> 12h00 – 12h15 : Philippe VELGE - INRAE Nouzilly - Centre de recherche Val de Loire UMR ISP - Rôle du microbiote intestinal dans le développement des phénotypes super et faible-excréteur de Salmonella chez le poulet
  
    Présentation d’un nouveau paradigme pour le portage de Salmonella chez les volailles qui est basé sur le rôle déterminant du microbiote intestinal dans les phénotypes faibles et super-excréteurs de salmonelles
  
  
  
  
  
  
  
  
  ------> 12h15 – 12h30 : Claire GIRARD – Phytosynthèse - Les phytogéniques : Concepts de preuves sur l’équilibre microbien de l’animal - Histoire d’une stratégie de recherche sur le microbiote
   

  Diplômée de VetAgro Sup, R&D Project Manager à Phytosynthèse depuis 2016, je conduis les démonstrations scientifiques de l’activité des phytogéniques principalement dans le domaine de la microbiologie. Les preuves de concept se font sur différentes cibles (protozoaires, virus, bactéries …) liées à la santé de l’animal.

   Je travaille également sur l’équilibre du microbiote, l’immunité et le métabolisme général de différentes espèces animales
  
  
  
  
  
  ------> 12h30 – 12h45 : Christel MARIE-ETANCELIN – GENPHYSE UMR1388 INRAE-Toulouse INP(ENSAT) - ENVT - Déterminisme génétique du microbiote ruminal : quelle utilisation en sélection ?
    
  
  
  
  
  
  
  
  
  ------> 12h45 – 13h : Q/R

• 13h00 – 14h00 : Pause déjeuner

• Reprise des conférences :
  > 14h00 – 15h00 :  SESSION 3  - Le microbiote humain : Innovation produits & innovation d’outils et de formation
  ------> 14h00 – 14h20 : Kalyane BACH-NGOHOU & Khadija OUGUERRAM - CHU Hôtel-Dieu INSERM U1235 TENS et UMR PhAN 1280 INRAe - Nantes Université - Effet préventif de l'extrait liquide de la spiruline sur l'athérosclérose : Implication du microbiote & Présentation du Master MICAS (Microbiote, Intestin-Cerveau, alimentation Santé)
  
  
  Khadija OUGUERRAM - Il est bien établi que le stress oxydant augmente le risque de développer de l'athérosclérose. Dans une première étude, nous avons analysé l'effet d’un extrait liquide de la spiruline riche en Phycocyanine, sur le développement de l'athérosclérose. L'administration de cet extrait pendant la gestation et la lactation chez la souris ApoE-/- diminue le développement de l'athérosclérose chez la descendance, en agissant, en partie, sur une modulation des métabolites du microbiote. Dans une deuxième étude chez l’homme atteint de syndrome métabolique, l’administration d’un extrait liquide de Spirulysat moins riche en Phycocyanine a montré une diminution du stress oxydant et une normalisation de la triglycéridémie sans modification des métabolites microbiens.
  
  Kalyane BACH-NGOHOU - Le Graduate Programme MICAS, Microbiote Intestin Cerveau Aliment Santé, est un parcours Master-Doctorat porté par Nantes Université et co-accrédité avec Oniris, Ecole Nationale Vétérinaire et Agro-alimentaire de Nantes L’enseignement du GP MICAS est fondé sur la constatation que le tube digestif et le cerveau sont des acteurs clefs de notre santé, que les maladies chroniques digestives représentent des enjeux de santé publique majeurs, que la nutrition préventive faisant intervenir alimentation et microbiote, dès le stade périnatal, constituent des sources de prévention et de thérapies innovantes. L’objectif de MICAS est de former des experts capables de répondre aux défis en termes de maintien de la santé, de prévention et traitements des maladies chroniques, en ciblant les interactions entre alimentation et microbiote. MICAS est riche de la diversité des différents intervenants impliqués et de la possibilité pour les étudiants d’être rapidement immergés dans les terrains de stage, académiques ou industriels. A l’issue du Master 2, les diplômés pourront soit directement intégrer le secteur de travail, soit poursuivre en doctorat.
  
  
  
  
  
  
  
  
  ------> 14h20 – 14h30 : Caroline AROUS - PEM2i d’Aurillac - Un Pôle d'Excellence Microbiologie Industrie Innovation en création à Aurillac
  
    Le PEM2i est en création à Aurillac et a pour vocation de fédérer les acteurs privés, de la recherche et de la formation autour de la microbiologie et de la fermentation. Ses objectifs sont de permettre aux entreprises et à la recherche scientifique de se développer, créer, innover, renforcer des compétences (avec la création de formations) et services (avec du matériel de pointe mutualisé), et d’élargir les partenariats scientifiques
  
  
  
  
  
  
  ------> 14h30 – 14h45 : Damien GARҪON - BIOFORTIS - Comment accélérer vos projets de recherche et développement sur le microbiome ?
  
    Pionnier dans l’analyse du microbiome, Biofortis accélère les projets de développement grâce à des experts et des outils performants : de la fabrication de kit, de la collecte d’échantillons biologiques, de la logistique, du séquençage haut débit ou de l’analyse. Cette plateforme microbiome est associée à une force interne biométrie & data science dédiée aux projets d’analyse de données avec une approche innovante d’intelligence artificielle.
  
  
  ------> 14h45 – 15h00 : Q/R

• Suite :
  > 15h00 – 16h15 :  SESSION 4  - Au cœur du concept One Health : quels outils et expertises pour étudier la transversalité entre ces microbiotes issus de l’humain, de l’animal et du sol & des plantes ?
  ------> 15h00 – 15h15 : Charlotte DESCHAMPS – UMR MEDIS 454 INRAE-UCA - Systèmes digestifs artificiels : des outils innovants pour l'étude du microbiome en nutrition et santé chez l'homme et l'animal
  
    Les systèmes digestifs artificiels représentent une alternative pertinente aux essais in vivo, en accord avec la règlementation européenne des 3Rs. Aujourd’hui, une dizaine de modèles digestif in vitro statiques ou dynamiques ont été développés et reproduisent les paramètres physico-chimiques, mécaniques et/ou microbiens de la digestion humaine ou animale. Ces modèles permettent d’étudier en laboratoire le devenir de tout intrants bénéfiques ou délétères dans l'environnement digestif permettant de mieux comprendre leurs interactions avec le microbiote dans un contexte de One Health
  
  
  
  
  ------> 15h15 – 15h30 : Sophie MARRE – CaptGEN UMR MEDIS 454 INRAE-UCA - La capture de gènes par hybridation, nouvelle approche de caractérisation des microbiotes
  
    La capture de gènes par hybridation se présente comme une alternative des approches classiques de séquençage d’amplicons et de métagénomique directe utilisées pour la caractérisation des microbiotes. Applicable à tout type d’échantillon, elle permet entre autres de révéler de manière exhaustive la diversité microbienne (procaryote et eucaryote) jusqu’au niveau de l’espèce et d’accéder aux espèces rares, facilitant l’identification de biomarqueur microbiens. Dans le contexte d'une santé unique (One Health), cette technologie offre la possibilité de suivre simultanément un ensemble d'agents infectieux (bactéries, parasites, virus...) et d'évaluer la dissémination des gènes de résistances aux antibiotiques au travers des flux dans les écosystèmes
  
  ------> 15h30 – 15h45 : Claire CHERBUY - UMR1319 MICALIS INRAE-AgroParisTech-Univ. Paris Saclay - Exploration des liens entre microbiote du sol, résilience des plantes et qualité nutritionnelle des productions pour un double impact environnement et valeur santé
  
    Dans le contexte actuel de transitions alimentaire et agroecologique associées au changement climatique, il est nécessaire d’identifier de nouveaux leviers permettant de maintenir une production végétale suffisante et de qualité.
  Le projet QUAMISOL est un projet exploratoire, interdisciplinaire et novateur rassemblant 4 partenaires académiques issus de 2 départements INRAE (AgroEcoSystem et AlimH), qui vise a démontrer qu’il existe un lien entre la diversité microbienne du sol, la résilience des cultures lors de déficits hydriques du sol, la qualité des produits récoltés et leur valeur santé en lien avec le microbiote intestinal (pour un co-bénéfice environnement–santé)
  
  
  
  ------> 15h45 – 16h00 : Céline DELBES - UMR-F 0545-UCA-INRAE-Vetagro Sup : Flux microbiens de l’amont a l’aval d’une chaine alimentaire : de la prairie au fromage par des approches systèmes et pluridisciplinaires
  
    Afin de concilier les enjeux de qualité unique ("One Quality") et de santé unique ("One Health") auxquels doivent faire face les systèmes laitiers, des approches systémiques sont déployées pour comprendre la réponse des microbiomes de la chaîne alimentaire aux modifications de facteurs amont (pratiques d’élevage) et des procédés de transformation, mais également pour apprécier des risques émergents
  
  
  
  
  
  
  ------> 16h00 – 16h15 : Q/R

• 16h15 – 16h30 : Pause

• 16h30 - 17h30 : Table Ronde - Microbiote & One Health : comment peut-on parler le même langage et innover pour un continuum autour de ces microbiotes ?
  - Karine VALEILLE - Metagenopolis
  
  
  - Olivier COUROT - IAGE - One Health Explorer : une boîte à outils pour explorer le microbiote environnemental ?
  
  - Assia DREUX - Greencell - De l’agronomie au travers du microbiote de la plante au microbiote intestinal ou cutané humain : un écosystème riche et incontournable pour innover
  

• 18h00 : Clôture de la journée