Le Caté conduit des programmes de recherche appliquée en légumes frais, horticulture ornementale et champignons cultivés, visant à résoudre les problèmes techniques rencontrés en production ou à répondre aux évolutions de la consommation. Les programmes de recherche appliquée sont de portée régionale, nationale et européenne. Les principales compétences et axes de recherche sont : la fertilisation raisonnée et l’agronomie, la protection phytosanitaire et Protection Biologique Intégrée, les techniques de culture, la segmentation variétale et diversification, la préservation de la qualité post-récolte ou encore les économies d’énergie.