Dans le contexte actuel de changement climatique et d'augmentation de la population humaine, l'amélioration végétale doit permettre de sécuriser les rendements des cultures tout en assurant une alimentation saine et durable aux consommateurs. Longtemps basées sur les seuls marqueurs génétiques, les méthodes de sélection végétale se tournent de plus en plus vers l'exploitation de données omiques collectées en aval du génome, notamment aux niveaux transcriptomique et métabolomique. Les données de protéomique sont beaucoup moins exploitées en raison de complexités techniques qui qui imposent un faible débit d'analyse non adapté à l'étude de grandes cohortes d'échantillons, telles que celles utilisées en amélioration végétale.

Le projet Prot4Breed vise à élaborer des méthodes de préparation d'échantillon et d’analyse protéomique par spectrométrie de masse (MS) à haut-débit sur des échantillons végétaux. Deux aspects seront traités : 1) la réduction du temps de préparation des échantillons végétaux 2) la réduction du temps d’analyse par chromatographie liquide en couplage avec l'analyse par MS (LC-MS). Les développements seront menés de manière à affecter le moins possible la quantité et la qualité des données acquises. La réalisation de ces deux objectifs rendra possible l'application de la protéomique aux grands dispositifs expérimentaux utilisés dans le domaine de l'amélioration variétale.